L’organisation administrative (organigramme ) du centre est régie par l’arrêté interministériel du 15 Chaoual 1414 correspondant au 27 mars 1994 portant organisation administrative du centre national de contrôle et de certification des semences et plants.

Il est doté de deux antennes régionales Est (Constantine ) et Ouest (Sidi Bel Abbes ) et de trois laboratoires l’un au siège d’Alger et deux régionaux à Tiaret et à Sétif .